Monday 23 May 2016

Bioinformatika



BioInformatika














                          




Nama      : Bima Sakti Nugeraha
NPM       : 51412466
Kelas       : 4IA04


                                         UNIVERSITAS GUNADARMA
                                            TEKNIK INFORMATIKA
                                                          DEPOK
                                                             2016

                                                            KATA PENGANTAR                                                                  
Dengan menyebut nama Allah SWT yang Maha Pengasih lagi Maha Panyayang, Kami panjatkan puja dan puji syukur atas kehadirat-Nya, yang telah melimpahkan rahmat, hidayah, dan inayah-Nya kepada kami, sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ilmiah tentang limbah dan manfaatnya untuk masyarakat.      
   
        Makalah mengenai bioinformatika ini telah saya susun dengan maksimal. Saya menyampaikan banyak terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu saya dalam pembuatan makalah ini.         
   
        Terlepas dari semua itu, Saya menyadari sepenuhnya bahwa masih ada kekurangan baik dari segi susunan kalimat maupun tata bahasanya. Oleh karena itu dengan tangan terbuka saya menerima segala saran dan kritik dari pembaca agar kami dapat memperbaiki makalah ini. 
   
        Akhir kata kami berharap semoga makalah tentang Bioinformatika ini dapat memberikan manfaat maupun inpirasi terhadap pembaca.


                                                           BAB I
                                                  PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
                Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
                    Pada jaman sekarang kita telah masuk dijaman era komputerisasi dimana semua bidang pekerjaan dapat dibantu dengan menggunakan komputer, begitu juga dengan bidang biologis. Semua pekerjaan yang mengenai biologis kini bisa dikerjakan dengan mudah dengan bantuan komputer itu sendiri, Sehingga istilah Bioinformatika sangat berkembang seiring dengan perkembangan biologi dan informatika.
            Penulis akan membahas mengenai Bioinformatika dari beberapa jurnal yang telah dibuat oleh beberapa penulis. Pada makalah ini penulis akan menringkas 3 buah jurnal mengenai bioinformatika dengan jurnal pertama berjudul “Mengawinkan Teknologi Informasi dengan bioteknologi” kedua “Analisis Bioinformatika berbasis WEB untuk eksplorasi enzim klitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens” ketiga “Peran Bioinformatika dalam Bidang Kedokteran yang nantinya akan didapat kesimpulan dari beberapa jurnal yang membahas mengenai bioinformatika diberbagai aspek. 

1.2 Rumusan Masalah
           
1. Apa itu BioInformatika ?
2. Pemanfaatan BioInformatika pada bidang kedokteran

1.3 Tujuan
           
            Untuk memberikan pengetahuan baik penulis maupun pembaca mengenai Bioinformatika dan pemanfaatanya.


                                                       BAB II
                                                PEMBAHASAN

Ledakan informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan struktur protein sampai kepada data transkripsi RNA berkat teknologi DNA chip, telah mendorong lahirnya Bioinformatika yang digunakan untuk mengorganisasi dan menganalisa data-data tersebut menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Bermacam database telah dibuat dan banyak perangkat lunak telah diciptakan yang menunjukkan trend kepada spesialisasi tujuan. Walaupun negara berkembang kurang dapat berpartisipasi dalam eksperimen bioteknologi yang padat informasi untuk pengumpulan informasi dalam database database itu, peluang untuk memanfaatkannya melalui Bioinformatika terbuka lebar karena sifatnya yang terbuka[1].    

 Eksplorasi enzim secara tradisional dengan kultivasi mikroba sekarang ini tidak lagi efisien, karena menghabiskan waktu dan biaya. Bioinformatika berbasis web hadir untuk melakukan serangkaian analisis sekuen, baik itu DNA maupun protein, yang dapat digunakan sebagai penelitian pendahuluan, sehingga ekplorasi enzim menjadi lebih tepat sasaran. Penelitian ini telah melakukan analisis potongan sekuen 16S ribosomal RNA yang didapat dari 6 bakteri yang berasosiasi dengan udang. Analisis yang dilakukan adalah untuk mencari tahu tersedianya sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Dengan menggunakan database 16S Microbial dan Reference Genomic Sequence, serta fasilitas BLAST nucleotide dan CLUSTALW2 didapatkan 5 nama bakteri yaitu Micromonospora sp. L5, Aeromonas veronii B565, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, Burkholderia sp. JV3, dan Acinetobacter baumannii AB307-0294. Kelima mikroba ini memiliki tidak mempunyai gen kitosanase tetapi penyandi kitinase. Ketidakhadiran gen kitosanase dalam genome mikroba menjadikan mikroba unik untuk diketahui sekuens gen kitosanasenya, yang juga berpeluang untuk dipublikasikan[2].

 Bioinformatika merupakan kajian yang memadukan disiplin ilmu biologi molekul, matematika dan teknik informasi. Bioinformatika berperan dalam bidang klinis dalam bentuk informasi klinis, identifikasi mutasi gen-gen penyebab penyakit, terapi gen, dan pengobatan individual sesuai profil genetik setiap pasien. Bioinformatika juga berperan dalam identifikasi agen penyakit baru, diagnosis penyakit baru dan dalam penemuan obat. Aplikasi dari bioinformatika dalam penemuan obat ini menggunakan pendekatan genomik untuk identifikasi target-target obat dan desain senyawa untuk obat yang akan berikatan dengan DNA target[3].
Bioinformatika merupakan suatu bidang interdisipliner yang saling menunjang dengan disiplin ilmu lain. Bidang yang terkait dengan bioinformatika adalah biofisik, biologi komputasi, informatika medis, informatika kimiawi, genomik, proteomik, farmakogenomik dan farmakogenetik[3].
Sarana utama bioinformatika adalah berbagai perangkat lunak yang didukung oleh basis data yang tersedia pada world wide web. Bioinformatika merupakan disiplin ilmu yang sedang berkembang dengan pesat dan para ahli terus menyempurnakan program-program perangkat lunak yang kompleks untuk mencari, memilah-milah, menganalisis, memprediksi, dan menyimpan data-data biologi molekuler yang terus bertambah jumlahnya[3].
                                                     
                                                      BAB III
                                                    PENUTUP
3.1 Kesimpulan

Dilihat dari manfaatnya ternyata bidang bioinformatika itu cukup membantu dalam bidang kedoktoren, terutama untuk membantu dokter agar mudah menentukan penyakit yang diderita oleh pasien karena gejala yang ditimbulkan ketika pasien sedang sakit telah ada di dalam database yang nantinya tinggal disimpulkan pasien tersebut mendapatkan penyakit apa.

3.2 Saran

Pemanfaatan bioinformatika tidak lepas dari perkembangan ilmu komputer, semoga dengan perkembangnya ilmu komputer tidak hanya bidang kedokteran yang merasa terbantu namun dari bidang yang lain juga dapat terbantu sehingga dapat memudahkan pekerjaan manusia.


          DAFTAR PUSTAKA

1.             Witarto Arief B. (2003). “Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi”. MIFTA, Bogor , 9 Januari 2003

2.             Narita Vanny. (2012). “Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens”. AL-AZHAR INDONESIA SERI SAINS DAN TEKNOLOGI, Vol. 1, No. 4, September 2012

3.             Wargasetia L Teresa. (2006). “Peran Bioinformatika dalam bidang Kedokteran”. JKM. Vol. 5, No. 2, Februari 2006


Tuesday 19 April 2016

File Terdistribusi

Pengertian dan Tujuan File Sistem Terdistribusi

File Sistem Terdistribusi ( Distributed File System , disingkat) adalah file sistem yang mendukung sharing files dan resources dalam bentuk penyimpanan persistent di sebuah network.

Tujuan utama dari sistem file terdistribusi yaitu mencontoh fungsi dari sistem file non‐terdistribusi pada program klien yang berjalan di komputer‐komputer dalam suatu jaringan. Dimulai dengan pembahasan mengenai sistem storage terdistribusi dan non‐terdistribusi. Sistem file awalnya dikembangkan untuk sistem komputer terpusat dan komputer desktop sebagai fasilitas sistem operasi yang menyediakan antarmuka pemrograman yang bagus dalam storage disk. Setelah itu, mereka menambahkan fasilitas seperti kontrol akses dan mekanisme file‐locking yang membuatnya menjadi lebih berguna dalam pengiriman data dan program. Sistem file terdistribusi mendukung pengiriman informasi dalam bentuk file dan sesumber hardware dalam bentuk storage lewat intranet. File service yang telah dirancang dengan baik menyediakan akses ke file yang disimpan pada server dengan performance yang sama atau bahkan lebih baik dari file yang disimpan pada local disk. Desainnya disesuaikan dengan performance dari jaringan lokal dan oleh karena itulah menjadi yang paling efektif dalam menyediakan pengiriman storage untuk digunakan di intranet.

 Pengenalan File Service

  • File service adalah suatu perincian atau pelayanan dari file system yang ditawarkan pada komputer client. Suatu file server adalah implementasi dari file service dan berjalan pada satu atau lebih mesin.
  • File itu sendiri berisi dari nama, data dan atribut file seperti kepemilikan file, ukuran, waktu pembuatan file dan hak akses file. File sistem merupakan mekanisme penyimpanan on-line serta untuk akses, baik data maupun program yang berada dalam sistem operasi.
Karakteristik dari File System

  • File Sistem adalah bertanggung jawab untuk pengorganisasian, penyimpanan, pencarian keterangan, penamaan, sharing atau pembagian dan protection atau perlindungan dari file-file.
  • File berisi dari dua bagian penting yaitu data dan atribut. File sistem didesain untuk menyimpan dan mengatur banyak dan besar file dengan fasilitas untuk membuat, memberi nama dan menghapus file. File system juga bertanggung jawab untuk pengontrolan dari akses file, akses terbatas ke file oleh user yang berhak dan tipe-tipe dari akses yang diminta.
Komponen File service
Komponen-komponen file service adalah terdiri dari :
  • File Service
  • Pengoperasian dari masing-masing file.
  • Directory Service
  • Management atau pengaturan direktori
  • Naming Service
  • Location Independence :
  • File dapat dipindahkan tanpa penggantian nama
  • Hal yang umum untuk penamaan file dan directori :
  • Mesin + nama path e.g / machine / path atau machine : path
  • Mounting File sistem secara remote kedalam hirarki local file.
  • Single name space yang sama pada semua mesin.
  • Dua level penamaan :
  • Nama simbolik yang dilihat user dan nama binary yang dilihat oleh sistem.
Pengertian Interface Service
Interface service adalah metode standard komunikasi yang dapat dipakai oleh siapapun tanpa membedakan vendornya. Interface Service merupakan titik point yang konsumen gunakan untuk mengakses fungsionalitas yang diarahkan oleh aplikasi. Interface Service biasanya menggunakan alamat jaringan, yang berarti bahwa ia dapat  di akses oleh konsumen lebih dari beberapa macam komunikasi jarigan. Alamat jaringan dapat  terkenal lokasinya atau ia dapat terkandung dari direktori service seperti UDDI.
Sebuah kunci aspek dari desain service interface untuk memisahkan implementasi yang dibutuhkan untuk mengkomunikasikan dengan system lain dari aplikasi logika bisnis. Interface Service menyediakan interface yang jauh lebih kasar sambil menjaga semantik dan rincian lebih halus dari logika aplikasi. Hal ini juga memberikan penghalang yang memungkinkan logika aplikasi dapat berubah tanpa mempengaruhi interface konsumen.
Interface Service mengimplementasikan kontrak antara konsumen dan penyedia. Kontrak ini memungkinkan mereka untuk bertukar informasi bahkan jika mereka berada di sistem yang berbeda. Interface Service bertanggung jawab untuk semua rincian pelaksanaan yang dibutuhkan untuk melakukan komunikasi ini. Rincian tersebut termasuk tetapi tidak terbatas pada:
  • Network protocol. Interface Service harus merangkum semua aspek dari network protocol yang digunakan untuk komunikasi antara konsumen dan pelayanan. Sebagai contoh, anggaplah layanan terkena konsumen melalui HTTP melalui jaringan TCP/IP. Anda dapat menerapkan Interface Service sebagai komponen ASP.NET diterbitkan ke URL terkenal. Komponen ASP.NET menerima permintaan HTTP, ekstrak informasi yang dibutuhkan oleh layanan untuk memproses permintaan tersebut, memanggil implementasi layanan, paket respon layanan, dan mengirim respon kembali ke konsumen sebagai respon HTTP. Dari perspektif layanan, satu-satunya komponen yang memahami HTTP adalah antarmuka layanan. Pelaksanaan layanan memiliki kontrak sendiri dengan antarmuka layanan dan seharusnya tidak memiliki ketergantungan pada spesifikasi teknologi yang digunakan konsumen untuk berkomunikasi dengan antarmuka layanan.
  • Data formats. Menerjemahkan Interface Service konsumen antara format data dan format data yang mengharapkan layanan. Sebagai contoh, konsumen eksternal untuk perusahaan dapat menyediakan data dan mengharapkan data yg berada dalam format XML yang sesuai dengan skema standar industri XML. Konsumen internal untuk perusahaan mungkin ingin menggunakan format XML dioptimalkan untuk layanan tertentu. Interface Service bertanggung jawab untuk mengubah dan pemetaan kedua format data dalam format yang dapat menggunakan layanan ini. Pelaksanaan pelayanan tidak memiliki pengetahuan tentang format data spesifik Interface Service mungkin gunakan untuk berkomunikasi dengan konsumen.
  • Security. Interface Service harus dipertimbangkan batas kepercayaan sendiri. Konsumen yang berbeda mungkin memiliki persyaratan keamanan yang berbeda, jadi terserah untuk Interface Service untuk melaksanakan konsumen spesifik persyaratan. Misalnya, konsumen eksternal untuk perusahaan umumnya akan memiliki persyaratan keamanan yang lebih ketat daripada konsumen internal untuk perusahaan. Konsumen eksternal mungkin memiliki persyaratan otentikasi kuat dan hanya dapat diberi kewenangan untuk melakukan subset yang sangat terbatas dari operasi yang berwenang untuk konsumen internal. Konsumen internal dapat dipercaya secara implisit untuk kebanyakan operasi dan hanya membutuhkan otorisasi untuk operasi yang paling sensitif.
  • Service level agreements. Interface Service memiliki peran signifikan dalam memastikan bahwa pelayanan memenuhi komitmen tingkat layanan untuk satu set khusus konsumen. Interface Service dapat mengimplementasikan caching untuk meningkatkan waktu respon dan mengurangi konsumsi bandwidth. Beberapa contoh dari Interface Service dapat digunakan di satu set beban-seimbang node pengolahan untuk mencapai skalabilitas, ketersediaan, dan kesalahan-toleransi persyaratan.

Wednesday 6 April 2016

Komputasi Modern

1. Buatlah/ Carilah artikel tentang komputasi modern

2. Sejarah komputasi modern

3. Sebutkan macam-macam komputasi modern

Jawaban

1.
Secara Umum Komputasi bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Komputasi merupakan suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer. Komputasi yang menggunakan komputer inilah yang disebut dengan Komputasi Modern.

Komputasi Modern Komputasi adalah cara untuk menyelesaikan sebuah masalah dari inputan data dengan menggunakan algoritma. Secara umum ilmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Bidang ini berbeda dengan ilmu komputer (computer science), yang mengkaji komputasi, komputer dan pemrosesan informasi. Bidang ini juga berbeda dengan teori dan percobaan sebagai bentuk tradisional dari ilmu dan kerja keilmuan. Dalam ilmu alam, pendekatan ilmu komputasi dapat memberikan berbagai pemahaman baru, melalui penerapan model-model matematika dalam program komputer berdasarkan landasan teori yang telah berkembang, untuk menyelesaikan masalah-masalah nyata dalam ilmu tersebut. Dalam kerjanya komputasi modern menghitung dan mencari solusi dari masalah yang ada, dan perhitungan yang dilakukan itu meliputi:
1. Akurasi (big, Floating point)

2. Kecepatan (dalam satuan Hz)

3. Problem Volume Besar (Down Sizzing atau pararel) 4. Modeling (NN & GA) 5. Kompleksitas (Menggunakan Teori big O)

Karakteristik dari Komputasi Modern Karakteristik komputasi modern ada 3 macam, yaitu :

1. Komputer-komputer penyedia sumber daya bersifat heterogenous karena terdiri dari berbagai jenis perangkat keras, sistem operasi, serta aplikasi yang terpasang.

2. Komputer-komputer terhubung ke jaringan yang luas dengan kapasitas bandwidth yang beragam.

3. Komputer maupun jaringan tidak terdedikasi, bisa hidup atau mati sewaktu-waktu tanpa jadwal yang jelas

2.
Sejarah Komputasi Modern Awal mula dari komputasi adalah adanya perhitungan-perhitungan angka yang dilakukan manusia. Manusia telah mengenal angka dan perhitungan sejak berabad-abad yang lalu. Bangsa romawi pun telah dapat menghitung sistem kalender dan rasi bintang. Seiring dengan perkembangan zaman manusia pun melakukan perhitungan-perhitungan yang lebih kompleks. Otak manusia juga mengalami keterbatasan dalam menghitung angka yang jumlahnya bisa berdigit-digit, kemudian diciptakan alat sempoa untuk menghitung, kemudian dekembangkan menjadi kalkulator, Karena semakin berkembangnya alat dan kebutuhan semakin banyak pula data-data yang ingin dihitung, dan mulailah ide pembuatan untuk membuat komputer sebagai alat hitung dengan konsep komputasi modern. Tidak hanya itu, komputer yang diciptakan hingga sekarang ini bukan menjadi sebuah alat yang digunakan untuk menghitung, tapi juga bisa menyimpan,mengedit dan mengolah kata serta masih banyak lagi kegunaan dan kelebihan yang dimiliki oleh komputer.


3.     
1. Mobile computing

Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.

Dan berdasarkan penjelasan tersebut, untuk kemajuan teknologi ke arah yang lebih dinamis membutuhkan perubahan dari sisi manusia maupun alat. Dan dapat dilihat contoh dari perangkat komputasi bergerak seperti GPS, juga tipe dari komputasi bergerak seperti smart phone, dan lain sebagainya.

2. Grid computing

Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar.

Ada beberapa daftar yang dapat dugunakan untuk mengenali sistem komputasi grid, adalah :

· Sistem untuk koordinat sumber daya komputasi tidak dibawah kendali pusat.

· Sistem menggunakan standard dan protocol yang terbuka.

· Sistem mencoba mencapai kualitas pelayanan yang canggih, yang lebih baik diatas kualitas komponen individu pelayanan komputasi grid.

3. Cloud computing

Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.
Komputasi cloud menggambarkan pelengkap baru, konsumsi dan layanan IT berbasis model dalam internet, dan biasanya melibatkan ketentuan dari keterukuran dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.  

Sunday 20 March 2016

Remote Procedure Calls (RPC)

Remote Procedure Call (RPC) adalah sebuah metode yang memungkinkan kita untuk mengakses sebuah prosedur yang berada di komputer lain. Untuk dapat melakukan ini sebuah  server harus menyediakan layanan  remote procedure.Pendekatan yang dilakuan adalah sebuah  server membuka  socket, lalu menunggu client yang meminta prosedur yang disediakan oleh server. Bila client tidak tahu haruS menghubungi  port yang mana,  client bisa me-request kepada sebuah  matchmaker pada sebuah RPC  port yang tetap.  Matchmaker akan memberikan  port apa yang digunakan oleh prosedur yang diminta client.
RPC masih menggunakan cara primitif dalam pemrograman, yaitu menggunakan paradigma procedural programming. Hal itu membuat kita sulit ketika menyediakan banyak  remote procedure. RPC menggunakan  socket untuk berkomunikasi dengan proses lainnya. Pada sistem seperti SUN, RPC secara default sudah ter-install kedalam sistemnya, biasanya RPC  ini digunakan untuk administrasi sistem. Sehingga seorang administrator jaringan dapat mengakses sistemnya dan mengelola sistemnya dari mana saja, selama sistemnya terhubung ke jaringan.

Kelebihan RPC
  • ƒ Relatif mudah digunakan :
Pemanggilan remote procedure tidak jauh berbeda dibandingkan pemanggilan procedure.  Sehingga pemrogram              dapat berkonsentrasi pada software logic, tidak perlu memikirkan low  level details seperti  socket, marshalling &               unmarshalling.
  • ƒ  Robust (Sempurna):
Sejak th 1980-an RPC telah banyak digunakan dlm pengembangan mission- critical application yg memerlukan                  scalability, fault tolerance, & reliability.

Kekurangan RPC
  • ƒ  Tidak fleksibel terhadap perubahan:
Static relationship between client & server at run-time.
  • Berdasarkan prosedural/structured programming yang sudah ketinggalan jaman dibandingkan OOP.

Struktur Protokol Message RPC
  • Call Message
  • Dilakukan oleh klien, dimana meminta server untuk mengeksekusi suatu prosedur.
  • Terdapat nilai-nilai unsigned integer yang digunakan untuk mengidentifikasi prosedurremote yang diminta:
1. Nomor Program
2. Nomor Versi dari Program
3. Nomor Prosedur
  • Reply Message
  • Dikirimkan oleh server jaringan, bervariasi tergantung
apakah call messages yang diminta klien diterima
atau ditolak.
  • Mengandung informasi:
1. RPM mengeksekusi call message dengan sukses
2. Implementasi remote tidak sesuai dengan protokol yang digunakan (versi yang lebih tinggi atau lebih rendah ditolak)
3.Program remote tidak tersedia pada sistem remote
4. Program remote tidak mendukung versi yang diminta klien
5. Nomor prosedur yang diminta tidak ada